Κατά τη διάρκεια του ελληνοϊταλικού πολέμου, η ευρύτερη περιοχή του χωριού (ύψωμα Προφήτης Ηλίας[1]) έγινε θέατρο σκληρών συγκρούσεων ανάμεσα στα αντιμαχόμενα στρατεύματα[15]. Στις αρχές της Κατοχής, μετά από πιέσεις του συνεργάτη των ιταλικών δυνάμεων και πράκτορα της Ρουμανίας, Αλκιβιάδη Διαμάντη, επαναλειτούργησε στη Φούρκα ρουμανικό σχολείο[16][17]. Παρά την ιταλική υποστήριξη, η λειτουργία του αντιμετωπίστηκε εχθρικά από τον τοπικό πληθυσμό και τις ελληνικές κατοχικές αρχές και μετά από σύντομο χρονικό διάστημα έμεινε χωρίς μαθητές[18].
Αργότερα, αρκετοί κάτοικοι της Φούρκας έλαβαν μέρος στην Εθνική Αντίσταση, ενταγμένοι κατά κύριο λόγο στο ΕΑΜ/ΕΛΑΣ και δευτερευόντως στον ΕΔΕΣ[16]. Από την άλλη πλευρά, ορισμένοι συνεργάστηκαν με τις δυνάμεις Κατοχής ως μέλη ενόπλων δοσιλογικών οργανώσεων, δρώντας στην περιοχή της Μακεδονίας[19][20] και της Θεσσαλίας[21].
Πριν ακόμη την απελευθέρωση, το χωριό βρισκόταν υπό τον έλεγχο του ΕΛΑΣ, ενώ δέχτηκε δύο φορές επιδρομές: πρώτα το 1942 από ιταλικά αποσπάσματα και έπειτα το 1944 από γερμανικές δυνάμεις που πραγματοποιούσαν εκκαθαριστική επιχείρηση. Παράλληλα, αρκετοί κάτοικοι της Φούρκας έχασαν τη ζωή τους, είτε στο χωριό, είτε σε άλλες περιοχές όπου ήταν εγκατεστημένοι[16].
Κατά τα τέλη Απριλίου του 1945, διήλθαν από τη Φούρκα με κατεύθυνση προς τα ελληνοαλβανικά σύνορα, καταδιωκόμενοι πρώην αντάρτες του ΕΛΑΣ υπό τον Άρη Βελουχιώτη[22]. Στη διάρκεια του Εμφυλίου, η Φούρκα πέρασε αρχικά υπό τον έλεγχο του ΔΣΕ, αντάρτες του οποίου υπέβαλαν στις αρχές του 1948 κατοίκους σε άγριους ξυλοδαρμούς προκειμένου να ανακαλύψουν μυστικό δίκτυο κατασκοπείας που φημολογείτο ότι λειτουργούσε στον οικισμό[23]. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους, η Φούρκα κατελήφθη από δυνάμεις του κυβερνητικού στρατού και στη συνέχεια εκκενώθηκε, με τον πληθυσμό της να εγκαθίσταται προσωρινά σε διάφορα μέρη του νομού Ιωαννίνων και της Δυτικής Μακεδονίας[24].
